El escudo de la Universidad de San Carlos es una insignia que forma parte del patrimonio histórico del país. Es muy vistoso y lleno de significado e historia. Para tratar de entenderlo debemos ubicarnos en la época en que la casa de estudios fue fundada, esto es, en 1676 (por ello tricentenaria); en una perspectiva histórica esto sucedió casi 100 años después de la muerte del Obispo Marroquín y 10 después de la del Hermano Pedro, aunque el diseño se aprobó pocos años después, en 1681.
En ese entonces el monarca español, y por ende de Las Indias, era Carlos II y el Papa Inocencio XI. El idioma único de las Universidades occidentales era el latín, de allí se entiende la leyenda, entre el primero y el segundo círculo: “Carolina Academia Coactemalensis Inter Caeteras Orbis Conspicua” que en una traducción cerrada al castellano sería “Academia Carolingia Guatemalteca Conspicua entre las otras del Orbe” y en una interpretación más libre: “Universidad de San Carlos Destacada entre las Otras del Mundo”. Entre los estudiosos no hay coincidencia en cuanto al origen de “Carolina”. Es claro que proviene de Carlos, pero ¿cuál Carlos? Algunos lo remontan a Carlomagno quien fue el primer gobernante que rescató a Europa occidental de la oscuridad de la alta edad media y trató de formar un imperio en la región central europea; para otros es un tributo al Emperador Carlos V de Alemania y Carlos I de España, monarca de medio mundo. Diferente opinan los que lo atribuyen al entonces rey Carlos II que fue quién emitió la Real Cédula de Fundación. Quien aparece en el centro, como figura dominante (aunque de igual tamaño de las demás) es San Carlos Borromeo (éste es un apellido, no un lugar), un Cardenal italiano, de Arona (norte de Italia), obispo de Milán, que se había distinguido por su firmeza en la defensa de la Iglesia Católica en contra del embate de las corrientes protestantes, igualmente combatió toda herejía así como la brujería y hechicería en el norte de Italia y algunos cantones suizos. Fue un estandarte de la contrarreforma emprendida por Carlos V. Murió en 1584, o sea menos de 100 años antes de que se fundara la Universidad. San Carlos, con las manos recogidas en actitud piadosa y como santo le ilumina un halo y tiene la vestimenta roja que corresponde a su dignidad. Está mirando hacia el oeste y con ello resalta la importancia de los territorios que se encuentran hacia el oriente, esto es, Las Indias, más allá del Atlántico.
Arriba del santo está la corona pontificia cuyo uso concedió Inocencio XI en 1687, de allí que pasó a denominarse por mucho tiempo “Real y Pontificia” (hay muchas universidades Pontificias en Europa y América); la tiara consiste en una mitra de tres coronas simbolizando la majestad del papado en las esferas del submundo, del mundo terrenal y de las esferas celestiales. Cruzan la tiara las llaves de San Pedro como signo del pontificado romano. El escudo en su totalidad es una expresión de autoridad; de primero la autoridad divida y eclesiástica que domina la parte superior y central. A los lados se encuentran en diagonal dos torres y dos leones; las torres, que más bien serían los castillos, representan al Reino de Castilla y los leones al Reino de León. Estos mismos símbolos aparecen en el escudo actual de España; en un cuartel aparece un león, en otro una torre, luego las franjas roja y amarillas de Aragón y en otro cuartel el emblema de Navarra. Hacia el extremo, en el medio, aparece otra representación típicamente hispana: las columnas que ostentan la leyenda “Plus Ultra”, igual que en el escudo español. Plus Ultra quiere decir “más allá” como una expresión con mucho simbolismo, en un sentido histórico representa las Columnas de Hércules como conocían en la antigüedad al estrecho de Gibraltar y se entendía que allí terminaba el mundo, que no había “más allá”; en un sentido metafórico expresa esa voluntad de ir siempre un paso más allá. Por último aparece en la parte de abajo la referencia a Guatemala, se encuentra Santiago pero no como figura aislada sino como parte del conjunto del escudo de la ciudad, encima de los tres volcanes; aparece el buen discípulo Yago como un guerrero, realmente no lo era y no llegó de Jerusalén a hacer la guerra, lo que pasa es que fue el estandarte de los guerreros de la reconquista española y muchos aseguraron verlo en aparición acometiendo contra los moros. Los volcanes se representan desde la perspectiva de La Antigua, hacia la izquierda el de Agua, a la derecha el de Fuego, haciendo erupción, y el Acatenango.