Intentando recuperar Chiapas y Soconusco et gobierno militar de Rafael Carrera organizó una expedición militar sobre San Cristóbal de las Casas, además la lucha diplomática alcanzó tensión durante muchos años.
Belice aún hace suspirar a muchos guatemaltecos con la ilusión de recuperar el territorio.
Con Honduras casi se llega a una declaratoria de guerra en la época del Presidente don Lázaro Chacón. Perdimos la desembocadura del río Motagua.
Con El Salvador perdimos Sonsonate, que en la época colonial constituyó una Alcaldía Mayor, juntamente con Ahuachapán, llegando a Acajutla.
Inmediatamente después de la Independencia dio inicio esta pérdida territorial. En 1823 ya estaba consumado el despojo. Guatemala nunca reclamó ni militar ni en la vía diplomática.
Veamos brevemente algunos acontecimientos: en el Archivo General de Centro América existen documentos clasificados en el tema de la Independencia o emancipación. En el caso de la Villa de la Santísima Trinidad de Sonsonate, «12 de noviembre de 1821. El Alcalde Mayor de Sonsonate don José Fernández Padilla, informa al Jefe Político Superior de Guatemala tener noticias que las autoridades del pueblo de Ahuachapán pretendían segregarse de la jurisdicción de dicha alcaldía y anexarse a la jurisdicción del pueblo de Santa Ana, para constituir nuevo Partido».
El Alcalde Mayor fue destituido de su cargo. El 14 de diciembre de 1821 el Jefe Político informa que Padilla incitaba a los vecinos y soldados a pronunciarse en pro de la anexión al Imperio de México.
Los incidentes eran un tanto confusos. Un grupo de vecinos acusaba al Lic. Mariano Gómez de realizar invitaciones populares para que Sonsonate formara parte de San Salvador.
Los días 11 y 15 de diciembre hubo brotes de descontento. La rebelión para no pagar impuestos se extendió a los alcaldes de Tacuba, Izalcos, Ataco y Guaymango.