La organización es sospechosa de haber perpetrado desde principios de la década varios atentados sangrientos, entre ellos el de Bali el 12 de octubre de 2002, en el que murieron 202 personas, entre ellas 88 australianos.
Los cruentos ataques contra el hotel Marriot de Yakarta (12 muertos el 5 de agosto de 2003) y contra la embajada de Australia (12 muertos el 9 de septiembre de 2004), fueron atribuidos igualmente a activistas musulmanes, presuntos miembros de la Yamaah Islamiyah.
La Yamaah Islamiya (o «comunidad islámica»), fundada en 1993 por Abu Bakar Bachir, un religioso indonesio, director de una escuela coránica de Java, y Abdulá Sungkar, uno de sus compatriotas, se propuso instaurar un Estado islámico que incluiría a Malasia, Indonesia, Singapur, el sultanato de Brunei, el sur de Filipinas y el sur de Tailandia.
Todos los indicios apuntan a que Bachir se convirtió en el «emir» (jefe) al morir Sungkar en 1999, y los servicios de Inteligencia siguen considerándolo como el jefe espiritual del grupo.
Bachir fue condenado a dos años y medio de cárcel por su papel en los atentados de Bali de 2002, pero la justicia indonesia anuló la sentencia en diciembre de 2006.
La Yamaah Islamiyah está acusada de tener vínculos con Al Qaeda, la organización de Osama Bin Laden, el fundamentalista islámico prófugo, y de ser su enlace en el sudeste de Asia.
La organización dispone al parecer de varios cientos de militantes agrupados en pequeñas células independientes. Muchos de sus jefes son indonesios y algunos de ellos participaron en acciones de lucha armada en Afganistán.
Y para pasar al acto, dispone de «soldados» reclutados normalmente en escuelas coránicas indonesias. Alrededor de 150 presuntos miembros de la organización fueron detenidos desde 2001 en Filipinas, Malasia, Singapur, Tailandia, Camboya e Indonesia.
Hasta ahora, las fuerzas de seguridad han conseguido frustrar varios proyectos de atentados de esa organización.