Por ello fue fundamental que los religiosos seculares o regulares se diesen a la tarea de aprender las lenguas nativas. Recordemos que los alcaldes mayores y corregidores obtenían sus sueldos de los tributos que pagaban los indígenas. Además de la formación de los pueblos de indios se obtenía de ellos trabajadores en los repartimientos, mano de obra forzada y otras formas de obtener ventajas para el dominio español. En Petén no hubo corregimientos y la población aborigen en lugar de aumentar disminuyó en gran escala.
Hubo varias expediciones militares contra de los lacandones, -lo que no es motivo del presente artículo-, itzáes y choles. Buscaban los españoles además de oro y plata, recursos naturales. La Corona perseguía entre otros intereses fomentar el comercio del Atlántico al Pacífico.
La costa norte de Honduras, llamada Taguzgalpa, y la misma costa norte de Nicaragua, Tologalpa, de manera esforzada fue visitada por padres Franciscanos con el afán de fundar pueblos. Hubo en efecto varios padres mártires y soldados que los acompañaban sacrificados por los indígenas. La región de Bacalar también fue habitada por indígenas reacios a sostener intercambios culturales y económicos con los españoles. Esta región está al norte de río Hondo Azul, en Belice.
Los indígenas tenían motivos para fugarse hacia lugares lejos de los españoles, en donde no pagaran tributos ya sea estos en dinero o en especie. Hubo en los siglos XVIII y XIX una fuerte organización comercial por medio de cambios en la selva. Los itzá adquirieron especialización en mantener el control de dicho comercio, siendo la ciudad de Tipú corredor de ingresos a la nación Itzá. Los canek fueron los últimos señores se esta nación.
En el libro Caminos en la Selva. Migración, comercio y resistencia. Mayas yucatecos e itzáes. Siglo XVII – XIX. De Laura Caso Barrera, aparecen estos temas, incluyendo la reducción del Presidio de Remedios en Petén Itzá, por 1736. El territorio del Petén por aquellos años estaba bastante despoblado. Sin embargo, muchos indígenas vagaban por la selva.
Existió el temor de que los ingleses residentes en Belice y grupos de zambos mosquitos entraran a Petén por el río Mopán, provocando una rebelión general de los itzáes, tanto de los pueblos ya convertidos como de los llamados «gentiles». Los xomoes, aguerridos y valientes, vivieron por el río La Pasión, sin ser sometidos, luego se movieron hacia el río Cahabón.
En 1756 hubo cinco expediciones para intentar atraer indígenas infieles en el camino de Yucatán a El Petén. Los soldados del presidio de Remedios pasaban muchas necesidades por su alimentación y vestuario. A pesar de las grandes distancias hubo haciendas de españoles y mestizos, y al final de la época de lluvias los comerciantes de Yucatán visitaban la región intercambiando diversidad de productos cada año.
Sobre los trajes y atuendos de estas naciones nativas, sus idiomas, creencias, creaciones artísticas, es poco lo investigado, no así la región de Yucatán y en los Altos de Guatemala en donde existen valiosos trabajos, por ejemplo el grupo Cluj actual.
La capital de los itzáes fue Tayazal, pero en la época de la resistencia hacia el dominio español la capital fue llamada Noh Petén.
Los padres misioneros dominicos fundaron varios pueblos, en los alrededores del lago hubo cinco. Por varias causas el pueblo de San Martín fue abandonado completamente.
En la selva vivían dispersos indígenas que habían huido de Yucatán, otros eran itzáes y otros jamás habían sido conquistados. Formaron grupos familiares pequeños subsistiendo de la agricultura, caza, pesca y recolección. Huir a la selva significaba para muchos nativos un alivio pues ya no pagarían los pesados tributos ni demás cargas y trabajos. Sin embargo no se libraron de las viruelas que adquirieron de los españoles.
El Petén colonial fue una zona de refugio con muchos caminos de comercio, controlado todo esto por los itzáes. Al caer el señorío de los canes la organización ya descrita colapsó. Así que solamente quedaron pequeños grupos familiares. A esta conclusión llegó la autora ya mencionada. Cuando tuvo lugar la guerra de castas en Yucatán en 1850 los itzáes no se unieron a la rebelión.