El 19 de junio un día después de la entrada de Castillo Armas el canciller Toriello denunció ante el Consejo de Seguridad de las Naciones Unidas el caso de Guatemala y Antonio Chocano, encargado de Negocios en Washington, también envió una nota al Comité Interamericano de Paz de la OEA solicitando su intervención. El Departamento de Estado se oponía sin razón válida a incluir la denuncia de Guatemala ante el Consejo de Seguridad. En principio se habló del pleno de la OEA pero Dulles tenía sus reservas y se inclinaba más por el Comité Interamericano de Paz.
El día 20 hablaron en las Naciones Unidas el representante de Guatemala Eduardo Castillo Arriola y los representantes de Honduras y Nicaragua cuyos gobiernos eran acusados de ser copatrocinadores con los Estados Unidos de una invasión. Ese día Rusia votó a favor, pero no se aceptó la denuncia de Guatemala para incluirla en la agenda. Toriello insistió y reunido de nuevo el Consejo de Seguridad, sorpresivamente Francia e Inglaterra votaron a favor de Guatemala cambiado la votación inicial. Eisenhower airado ordenó al Embajador Henry Cabot Lodge que se advirtiera a Francia e Inglaterra que los Estados Unidos no votaría en los casos de Egipto, Chipre y el Norte de ífríca, pendientes en agenda.
La mañana del día 25 de junio Winston Churchill y Anthony Eden llegaron a Washington para tratar el caso de Indochina y después de conocer la amenaza de la Casa Blanca se trasladaron de inmediato al despacho de Eisenhower acordando apoyar la línea del Departamento de Estado y convencer a Francia. En la siguiente votación Francia e Inglaterra se abstuvieron con lo que quedó fuera de agenda la solicitud y se convino que una Comisión del Comité Interamericano de Paz estaría visitando Guatemala próximamente. Coincidentemente esa noche el presidente Arbenz se dirigió a la Nación denunciando la invasión y asegurando que su Gobierno no caería ese día 25 ni ningún otro.
El 26 de junio el Consejo de Seguridad Nacional en Washington ordenó la evacuación de la Embajada «como una medida psicológica», según consta en su documento desclasificado con un mensaje enviado por el Secretario de Estado a su hermano Allen Dulles Director de la CIA. El presidente Arbenz recibió la noticia y presionado, además, por la caída de Chiquimula y la negativa de las Naciones Unidas, se reunió con sus Jefes Militares que eran la voz del Consejo Superior de la Defensa. En esa reunión se hizo eco de otra realizada el 7 de junio en donde el Alto Mando le había presentado un cuestionario en el que entre otras cosas se señalaba la oposición del Ejercito a las Milicias Populares que pondrían en riesgo su existencia; había trascendido que el dirigente del PGT Leonardo Castillo Flores estaría al frente de ellas. Ese día las cosas iban de mal en peor, había caído Chiquimula y los mandos militares de Zacapa consideraban la posibilidad de un armisticio; Arbenz supo que había perdido la partida en la vía diplomática y que ya no contaba con el respaldo del Ejército.
El día 27 el presidente Arbenz tomó la decisión de renunciar y llamó al Jefe de las Fuerzas Armadas su amigo el coronel Carlos Enrique Díaz y le pidió que se hiciera cargo del Gobierno manteniendo la lucha contra las fuerzas invasoras apoyadas por los Estados Unidos. El Embajador Peurifoy se enteró de inmediato y visitó al coronel Díaz para instarlo a aceptar la designación. Esa noche el coronel Arbenz renunció públicamente después de pedir a su amgio el dirigente José Manuel Fortuny que escribiera el discurso y luego se asiló con su familia en la Embajada de México.
El día 28 Díaz integró una Junta con los coroneles Luis íngel Sánchez Ministro de la Defensa y Elfego Monzón. Este último era del agrado de Peurifoy y se relacionaba con gente de la Embajada. El discurso de Díaz instando a continuar la lucha cayó muy mal en Washington y Peurifoy se lo reclamó, Dulles lo señaló como un hombre del que no se podía cofiar dando órdenes terminantes. Peurifoy envió al Jefe de la CIA en Guatemala John Doherty y a Enno Hobbing otro operador de la Agencia para tratar con Díaz esa noche. Los enviados le comunicaron sin ambages que «él no era conveniente para las necesidades de la política exterior de los Estados Unidos» a lo cual respondió que exigía la presencia de Peurifoy. A las dos de la madrugada Peurifoy atendió la llamalda telefónica de sus emisarios diciendo: «Ok, Now I will have to crackdown on that son of a bitch» (muy bien, ahora yo tendré que disciplinar a ese hijo de puta), luego se vistió y llegó al Palacio para exigir al Jefe de Gobierno su renuncia.
A la mañana siguiente el coronel Elfego Monzón con el beneplácito de Peurifoy y como Presidente de una nueva Junta anunció que el Alto Mando Había decidido que Díaz y Sánchez fueran sustituidos por los coroneles José Luiz Cruz Salazar y Mauricio Dubois. En Chiquimula el día 30 Castillo Armas había llegado a un acuerdo con los mandos de Zacapa que lo reconocían como líder y desconocía a la Junta recién formada. (continuará)