La biografía de San Martín es muy extensa pues participó en la emancipación de Argentina, Chile, Perú y ayudó en la libertad de Ecuador. Los cambios territoriales que sufrió el virreinato de Perú demuestran lo extenso que fue. Frente a todas las fuerzas realistas mantuvo una intensa campaña militar nuestro héroe.
Los argentinos invadieron militarmente el Alto Perú, el virrey del Perú, José Fernando de Abascal, envió en su contra a un ejército derrotándolos en Guaqui el 20 de junio de 1811, perdiendo los argentinos definitivamente ese territorio. Más tarde Sucre favoreció su independencia con el nombre de Bolivia en 1825. Lo mismo sucedió con Paraguay que se separó de Argentina pese a las acciones militares para evitar tal secesión. La llamada Banda Oriental o Uruguay también siguió el ejemplo separatista. El antiguo Virreinato del Río de La Plata quedó dividido.
Argentina era independiente desde 1810, pero el 9 de julio de 1816 fue proclamada la libertad en el Congreso de Tucumán fue aquí en donde influyó mucho San Martín quien desde Cuyo o Mendoza preparaba al ejército de los Andes para invadir Chile.
Cuando el 20 de agosto de 1820 San Martín invadió el Perú con 23 buques, el mismo año tuvo lugar la sublevación de Rafael de Riego en Cabezas de San Juan, deteniéndose el paso de la expedición militar sobre el Río de La Plata; este hecho ayudó en gran medida a los patriotas evitando que España tomara de nuevo el control total sobre sus colonias en América. Sin embargo, en algunos lugares la resistencia realista se prolongó, así el coronel Antonio Quintanilla defendió la isla de Chiloé en 1826.
San Martín fue miembro de la masonería, específicamente de la Logia Lautaro. La actividad desplegada por las logias tendía a la tolerancia religiosa, por ello la Iglesia Católica externó algunas oposiciones hacia San Martín.
Uno de los cargos más importantes desempeñados por San Martín fue el de protector de el Perú en octubre de 1821, el mismo año en que proclamó su Independencia, pero la lucha apenas se iniciaba. Asumió todos los poderes, así como reformas de tipo social y cultural. Abolió el tributo pagado por los indígenas y dio la libertad a los hijos de los esclavos negros. San Martín se retiró de Perú en septiembre de 1822.
La lucha continuó por Bolívar y Sucre, la batalla de Junín el 6 de agosto y Ayacucho el 9 de diciembre de 1824, el año siguiente fue liberado el Alto Perú, el general Olañeta fue vencido en Tusmulá el 1º de abril de 1825, para caer finalmente la fortaleza del Callao el 22 de enero de 1826.
Su exilio en compañía de su hija Merceditas transcurrió durante muchos años, recibiendo visitas de personajes distinguidos, uno de ellos Domingo Faustino Sarmiento. Sus restos mortales descansan en la Catedral de Buenos Aires.