Si es una institución pública, entonces, quiere decir que por exclusión no es una institución privada, tercium non datur. Si es pública, por lo tanto, tiene que integrar necesariamente uno de los cuadros que conforman el Estado, tanto es así que el registrador es nombrado por el Presidente de la República.
El artículo 1225, reformado por el artículo 98 del Decreto-Ley número 208, enuncia que cada registro estará a cargo de un registrador nombrado por el Presidente de la República, en acuerdo gubernativo a través del Ministerio de Gobernación. El órgano es el registro y el funcionario que lo representa y dirige es el registrador. El derecho administrativo les llama órganos unipersonales.
Ahora bien, el hecho de que el Registrador no dependa de ningún órgano u organismo significa que goza de cierta autonomía, porque puede tomar decisiones por sí mismo y financieramente se alimenta de los honorarios que pagan los interesados, incluyendo el pago de su director que es el Registrador.
Si el órgano es inescindible del que lo dirige o representa y siendo ambos establecidos por ley, nos damos cuenta, incontestablemente, que el Registro de la Propiedad, pertenece desde el punto de vista de su ámbito material de validez al derecho público. Además, porque el servicio que presta es de naturaleza pública aunque se diga que por ello recibe honorarios, como una contraprestación, que, según el DRAE, es un sinónimo de sueldo en el amplio sentido de la palabra. Honorario proviene de honores, por ejemplo, presidente honorario y quizás en consideración a la alta función de fedatario público, de luengos años, la remuneración por los servicios que presta se le denominó honorarios.
En consecuencia, cuando el Registrador recibe honorarios y le da ingreso al Registro, ese dinero que ingresa ipso facto es un dinero público, que por ser público cae en el ámbito de la fiscalización. El dinero o el pago que se hace al ingresar a las cajas del Registro es obligado si es que se quiere obtener las operaciones que conforme la ley efectúa dicho Registro, es decir, que el interesado paga porque un órgano del Estado efectúe una operación que el interesado desea y que le garantice dicha operación frente a terceros, y el Registrador, a su vez, se obliga a operar en los libros correspondientes el documento sujeto a registro, si es que cumple con los requisitos de ley. El Registro de la Propiedad conforme a la ley es único y exclusivo, de manera que el interesado no tiene ninguna otra opción registral.
De esto se colige que las normas que integran el Libro IV del Código Civil que trata “Del Registro de la Propiedad” son de naturaleza pública, son normas imperativas, aun cuando la generalidad de las normas de dicho cuerpo legal pertenezca al ámbito del derecho privado. 
El hecho de que en el artículo 9 del Reglamento arancelario se haya dispuesto que las inscripciones del Estado y de las municipalidades no causará honorarios, no significa que dicha entidad no sea del Estado. Este es una especie de privilegio que se auto otorgó el mismo Estado y a favor de las municipalidades, pero en nada varía el status público de la entidad registral. Además, el que no aparezca partida alguna en los presupuestos de ingresos y egresos del Estado, relativas al Registro no quiere que se le exima de la obligación de ser fiscalizado.
Desde el prisma constitucional la fiscalización de los ingresos al Registro es claramente obligatoria por parte de la Contraloría General de Cuentas. En efecto, el artículo 232 en su parte conducente postula que esta entidad es una institución técnica descentralizada, con funciones fiscalizadoras de los ingresos, egresos y en general de todo interés hacendario de los organismos del Estado, los municipios, entidades descentralizadas y autónomas.
Si el Registro es una entidad autónoma del Estado con características especiales, como lo hemos indicado, y si sus ingresos aun cuando provengan de los particulares son ingresos públicos, resulta que la función fiscalizadora es, obviamente, obligatoria. No es cierto, como se dice, que el Registro no maneja fondos públicos, porque estos no son sólo los provenientes del Presupuesto General de Ingresos y Egresos del Estado, sino también aquellos fondos que se reciben del público.
Un fallo del tribunal constitucional asienta: “…En lo que respecta al artículo 232, párrafos primero y segundo, de la Constitución Política, es cierto que señala las competencias de la Contraloría General de Cuentas, que son de tipo fiscalizador… pero no puede entenderse que tal competencia sea excluyente de la creación de otro mecanismo interno”. Sobre este punto no cabe discusión alguna, porque siempre tendrá la competencia la CGC de fiscalizar al Registro. Asimismo, el que mediante un fallo del mismo tribunal, se le dé legalidad al Acuerdo Gubernativo No. 30-2005 que crea la Comisión Nacional Registral ello, de ninguna manera, deroga ni modifica el artículo 232 constitucional que le da a la CGC la potestad de fiscalizar a los entes autónomos, es decir, al Registro de la Propiedad, como tampoco puede derogar o modificar las disposiciones relativas al Registro contenidas en el Libro IV del Código Civil, so pretexto de invocar su espíritu.
Es cierto que la autonomía de acuerdo con el artículo 134 de la Constitución Política la otorga el Congreso de la República con un determinado número de diputados, pero también lo es que la naturaleza del Registro es sui géneris, que no encaja precisamente dentro de los moldes clásicos de la autonomía de los entes de acuerdo con la teoría administrativa. El que su nacimiento no sea conforme lo postula la Constitución Política no quiere decir que no sea autónoma ni tampoco que sea una isla fuera la estructura general del Estado. Por otro lado, sean o no privativos sus ingresos, de todas maneras son ingresos públicos y por lo tanto susceptibles de ser fiscalizados.
Que la Comisión Nacional Registral contrate servicios de auditoría externa, magnífico, pero que ello sea un substituto de la potestad fiscalizadora que tiene la CGC, imposible, de acuerdo con el artículo 232 constitucional. Los fallos de la CC no dicen que la CGC no tenga competencia para fiscalizar el Registro, sólo indican que el contratar servicios de auditoría externa como un mecanismo interno no es excluyente. Y el que dicha contratación de auditoría externa se haya venido utilizando todos los años, no quiere decir que por este hecho se excluya la fiscalización por parte del ente constitucional. 
A la conclusión que se llega en un dictamen de la Comisión Nacional Registral, ignorando la naturaleza del concepto de honorarios, es que existiendo la regulación pertinente para la fiscalización de los fondos que manejan los dos Registros de la Propiedad que funcionan en el país, carece de fundamento constitucional y legal que tal fiscalización sea asumida por la Contraloría General de la Nación (sic), por cuanto comportaría un desbordamiento de la competencia y atribuciones que le corresponden. 
Nuestro razonamiento es a la inversa: la CGC tiene competencia constitucional y legal para fiscalizar el Registro de la Propiedad, función que no puede suplirse por ninguna otra entidad del Estado, mucho menos privada como sería la contratación de servicios de una auditoría externa. 
Conclusión: la Contraloría General de Cuentas, tiene poderes constitucionales y legales de fiscalización en el Registro de la Propiedad.