El Ministerio Fiscal recurrió la resolución de admisión. El Pleno de la Sala de lo Penal de la Audiencia Nacional dictó auto, fechado el 13 de diciembre de 2000, con el cual declaró que no procedí­a la jurisdicción penal española. La citada resolución fue recurrida en casación por las acusaciones, la que fue revocada parcialmente por el Pleno de la Sala Segunda del Tribunal Supremo, por sentencia de 25 de febrero de 2003. También se declaró, con base en el artí­culo 23.4 g) de la Ley Orgánica del Poder Judicial y en las disposiciones de la Convención contra la Tortura, la jurisdicción de los tribunales españoles para la investigación y enjuiciamiento de los hechos cometidos contra ciudadanos españoles en la Embajada Española en Guatemala, el 30 de enero de 1980, y de los hechos cometidos en perjuicio de los ciudadanos españoles Faustino Villanueva, José Marí­a Gran Cirera, Juan Alonso Fernández y Carlos Pérez Alonso.

El 26 de septiembre del 2005, el Tribunal Constitucional dictó sentencia otorgando el amparo a los perjudicados, extendiendo la jurisdicción española, en aplicación del principio de persecución universal, de los delitos de genocidio y terrorismo. En el transcurso de la instrucción, se libró Comisión Rogatoria a las autoridades guatemaltecas, para oí­r en declaración, a los testigos e imputados del procedimiento. Se autorizó el desplazamiento de una comisión judicial española a Guatemala, a fin de recibir esas declaraciones, desde el 26 de junio al 4 de julio de 2006. Las diligencias se realizarí­an de acuerdo con el calendario fijado por Saúl Orlando ílvarez Ruiz, Juez Undécimo de Primera Instancia Penal, Narcoactividad y Delitos contra el Ambiente de Guatemala. El 26 de junio se comunicó a la comisión judicial española la suspensión de las declaraciones en tanto estaban pendientes de resolver tanto un recurso interpuesto por imputados ante el Tribunal de Conflictos de Jurisdicción, así­ como otras impugnaciones. Ante la falta de comunicación oficial, el 29 de junio se dispuso el regreso de la comisión judicial hispana.

Por petición del Ministerio Fiscal de España, Santiago Pedraz Gómez, Magistrado del Juzgado Central de Instrucción número 1 de la Audiencia Nacional, con fecha 7 de julio de 2006, acordó la prisión provisional y sin fianza de los sindicados, para su detención y extradición a la pení­nsula. Se libró orden europea de detención y entrega, con efectos de orden internacional de detención, para que sean aprehendidos y puestos a disposición de la autoridad judicial española, a fin y efecto de responder por los delitos que se les imputan.