De acuerdo con González Dávila, el presbítero Francisco Marroquín recibió el título de “Provisor” y por segundo cura de su iglesia al bachiller García Díaz.

(1) En cuanto al título de “Provisor”, hay unos comentarios que el obispo manifestó al Rey Carlos I de España (Carlos V en  el Sacro Imperio Germánico) uno se encuentra en una de las cartas que envió al monarca en 10 de mayo de 1537, dice así: “Para en lo que toca al buen tratamiento de los naturales V.M. me encomendó la protección habrá tres años, y por ello quise yo entender en lo que convenía para su real descargo y para mi buena cuenta, y nunca hallé favor ni ayuda en la justicia mayor ni menor, ni en el regimiento. Los que gobiernan no querrían que hobiese protetores ni otro ninguno que tuviese poder V.M., y atenté muchas veces a tasar los indios, y dixéronme que la provisión no se estendía a tanto; y sobre ello escribí a V.M. para que se aclarase y alargase más la provisión de protector.” (2)

Durante los inicios del proceso de conquista y colonización la corona trató de gobernar sus nuevos dominios con una serie de leyes y decretos que en principio trataban de legitimar su poder y limitar el poder de los conquistadores y su excesiva independencia. Desde luego el repartimiento de encomiendas e indígenas, llevó a una serie de anomalías y excesos, entre los que estaba el nepotismo de los gobernadores y la explotación inmisericorde que se hacía con los naturales; esclavitud y trabajos excesivos. La Iglesia, fue el mejor aliado de la Corona, el clero regular y la creación casi inmediata de diócesis, le proporcionó a ésta el tipo de funcionario y representante adecuado; sin otro compromiso que la lealtad al Rey, a su Orden, a su misión de evangelización y a la protección del indígena. Situación que durante el siglo XVI provocó un enfrentamiento entre frailes, obispos y encomenderos, que no pocas veces terminó en violencia física, agresiones y asesinato. (3)

Producto de esta situación, fue la creación de cargos como el de “protectores de indios” otorgados a obispos y frailes. Sin embargo, el obispo Marroquín, dos años después, y con cerca de una década de haber sido nombrado para este cargo, continuaba sintiéndose confuso acerca de las funciones y autoridad que comprendía. De igual manera se quejaba de  la poca colaboración de los encomenderos sumado a lo extenso y al poco personal con que contaba.(4) Una fechada en 15 de agosto de 1539 revelaba esta situación:  “Asimismo ay necesidad que V. M. declare o mande declarar, qué cosa es ser protector y á qué se extiende, y si somos jueces, y si como tales podemos nombrar ejecutores alguaciles para nuestros mandamientos, y asimismo escribanos, y si los visitadores que enviamos podrán llevar varas, pues van como jueces, y si esto compete solamente á los protectores y no á los gobernadores, pues a ellos solos es encomendado la protectoría y visitación. Otro si, entre los indios ay muchos pleitos, y todos son débiles, que con poco se contentan y se descontentan por su proeza y mala ventura, y acuden a quien los oye y do hallan más consolación, y las más veces procuro de los concertar, é algunas veces quedan algunos agraviados, por no osar meter la mano, y déjalo, porque no digan que tomo más de lo que es mío, aunque á la verdad, vista la necesidad de estas gentes, no un protector, sino mucho sabían de tener.”(5) No obstante estas preocupaciones, el obispo Marroquín permaneció en el cargo hasta su muerte en 1563. (6)