Nació en el Valle de Toranzo, provincia de Santander, España. Estudiante de la Universidad de Osma donde recibió el grado de Maestro en Sagrada Teología. Los cronistas lo llamaban licenciado. En España conoció a Pedro de Alvarado y decidió venir con él a la América. Así inició su misión apostólica. De España fue a Cuba, de Cuba a México. En abril de 1530 llegó a Almolonga, Guatemala. Encontró aquí a La Virgen del Socorro que trajo el capitán español Francisco de Garay. La Virgen del Socorro estuvo dos años en Iximché, luego pasó a Almolonga y después al Valle de Panchoy. Ahora se encuentra en la Catedral de la capital guatemalteca.
Alvarado nombró a Marroquín como párroco de la Ciudad de Santiago de Guatemala, donde inició estudios de las lenguas indígenas, escribió el catecismo de la doctrina cristiana y el libro «Arte para aprender los principales idiomas de Guatemala», obra que se perdió. Posiblemente fue el primer libro gramatical de los idiomas indígenas. Marroquín fue el iniciador de la enseñanza pública de Guatemala. En su testamento dejó un legado para que fundasen un Colegio Mayor, para enseñar artes, teología y otras ciencias. Otro legado lo dejó Crespo Suárez. Existía una cantidad de 173 mil pesos oro cuando la Universidad fue erigida.
En Almolonga había un cobertizo provisional, de paja, que servia de templo desde 1527. Así lo encontró Marroquín. Se preocupó por la construcción del templo de Santiago, no sin vencer contratiempos. Había en este templo parroquial una capilla a la derecha donde se veneraba a la Virgen del Socorro, a la que, entonces, la llamaban, equivocadamente, La Piedad. Marroquín celebraba misa ante esta imagen. Fundó también una pobre casa parroquial a donde llegaban los niños en busca de escuela.
A Marroquín se le consideraba el primer Cofrade por ser el fundador de la primera cofradía en su comunidad, para la devoción de la Inmaculada Concepción.
Por idea de Carlos V y del consejo de Indias se estableció en Guatemala el Obispado. Se fundó la Catedral de Santiago de Guatemala y a Marroquín se le llamó primer obispo de Guatemala. Fue el primero en América para la gloria de Guatemala (7 abril 1537). El ilustre obispo compraba tierras para entregarlas a los indios, para que vivieran libres en sus milperías. Es casi seguro que así se fundó el pueblo de San Juan el obispo. El Obispo hizo venir de Nicaragua a Fray Bartolomé de las Casas y a otros frailes. Trajo de México a varios religiosos, presididos por Marroquín.
Cuando se produjo la catástrofe donde perdió la vida doña Beatriz de la Cueva, Marroquín auxilió a las víctimas, sacó cadáveres de las ruinas y les dio sepultura. Se trasladó, no lejos de Almolonga, en lo que hoy es Antigua Guatemala donde realizó muchas actividades.
El obispo Marroquín gobernó, civilmente, el Reino de Guatemala, asociado a don Francisco de la Cueva, desde el 17 de septiembre de 1541. Desde entonces fue creando parroquias en los pueblos aledaños.
Marroquín murió el 18 de abril de 1563.
Periódico EL PUEBLO, agosto 1924, No. 85 Valenzuela, Hemeroteca Nacional de Guatemala.