Al aceptar y reconocer FASA la colusión se comprometió a generar un código interno que castigara cualquier práctica contraria a la libre competencia y prohibirle a sus ejecutivos tener alguna propiedad o acciones en las otras cadenas de farmacias. También se comprometió a pagar al fisco un aporte de 1,350 UTM para beneficio social, equivalentes a un millón de dólares, lo cual se cambió después en una multa por el mismo valor.

Durante las audiencias del juicio, Salcobrand y Cruz Verde desconocieron los hechos confesados por FASA y negaron sumarse al acuerdo conciliatorio, razón por la cual el proceso continuó en contra de las dos cadenas farmacéuticas.

Salcobrand descartó hacer reclamos al acuerdo conciliatorio, Cruz Verde solicitó inhabilitar a los integrantes del TDLC, lo que fue rechazado. También intentó un segundo recurso de inaplicabilidad ante el tribunal constitucional, que también fue declarado inadmisible.

El 30 de marzo de 2009, un grupo de parlamentarios encabezado por Guido Girardi, acompañado por el Presidente del Colegio de Médicos y la Confusam presentó la primera querella criminal contra quienes resultasen responsables de la colusión de precios en las farmacias, específicamente por “asociación ilícita y adulteración fraudulenta de los precios de mercancías de primera necesidad”.

Adicionalmente, se presentaron querellas en contra de otras farmacias. Ante las numerosas querellas se solicitó un fiscal exclusivo, lo cual fue rechazado por el Fiscal Nacional, argumentando que el problema era más jurídico que de investigación.

El 28 de marzo de 2009, el Instituto de Salud Pública comunicó que aplicaría a Cruz Verde, Salcobrand y FASA una multa de 1,000 UTM a cada una por otorgar beneficios económicos a sus empleados para que éstos dirigieran la compra de sus clientes a medicamentos de mayor precio, distintos a los recetados, e inducir al uso irracional de los medicamentos, por cuanto sus vendedores, además de su sueldo base obtenían comisiones según la venta de distintos fármacos de mayor precio a los recetados.

Como parte de la solución, el gobierno estableció que las farmacias debían de tener 250 medicamentos genéricos disponibles, para ser vendidos sin intervención de los vendedores de las farmacias.

Al conocerse el acuerdo conciliatorio de FASA y el FNE, el presidente de la Confusam lo calificó como un insulto a la conciencia nacional, porque los culpables quedaron sin pena de cárcel y solo pagaron una multa irrisoria de un millón de dólares.

También hubo crítica al saberse que Sebastián Piñera, candidato a la Presidencia en ese momento, era accionista de farmacias Ahumada. Él declaró que no sabía que tenía acciones en ese grupo y se comprometió a venderlas, lo cual hizo por US$2.4 millones. La presidenta Michelle Bachelet, el 21 de mayo de 2009, recalcó en su discurso que “cuesta imaginar que la codicia de esos ejecutivos los lleve a ese extremo, ponerse de acuerdo para subir los precios de los remedios sin pensar ni un minuto en la salud de las personas. Mi indignación, estoy segura, es la misma que la de todos los chilenos”.

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Continuará