Estando el Ejército Revolucionario a las Puertas de Ciudad Juárez, continuaron las negociaciones entre personeros gubernamentales, miembros de la familia Madero y otras personas que Madero había designado. Por parte del Gobierno del general Porfirio Díaz, el ministro de Hacienda José Ives Limantour, actuaron como negociadores Oscar Braniff y Toribio Esquivel Obregón. En las últimas etapas Antonio Carvajal fue representante directo de Díaz. Las negociaciones se fueron prolongando hasta finales de marzo y abril. Los delegados gubernamentales trataban de mantener en el poder al general Díaz y a su equipo de Gobierno. Al final la posición de Madero -que no siempre fue firme -exigió la salida de Díaz. Sus jefes militares, entre ellos, Pascual Orozco y Francisco Villa no estaban de acuerdo en la forma en cómo se procedía .Tampoco veían con agrado que se postergara el ataque a Ciudad Juárez. A espaldas del líder revolucionario iniciaron las acciones el día 8 de mayo. Con mil quinientos hombres y Juárez cayó dos días mas tarde.
Los cronistas de la época narran que durante las acciones miles de ciudadanos residentes en El Paso, Texas -al otro lado del río-, sentados observaban el tiroteo como quien presencia un partido de futbol. La tan temida intervención del Gobierno norteamericano a causa del enfrentamiento no sucedió.
Después de la caída de Ciudad Juárez, Francisco Madero procedió a integrar su Gobierno desde la llamada «Casa de Adobe» adentro de la población. En ese lugar se dio a conocer a nivel nacional el general Venustiano Carranza, nombrado Ministro de Guerra y Marina. Cuando Madero cedía Carranza intervino para reafirmar la necesidad de no hacer concesiones por parte de los revolucionarios. Acuñó una frase que se hizo célebre: «Revolución que tranza es Revolución pérdida». Con los representantes del Gobierno Oscar Braniff, Toribio Esquivel Obregón y Rafael Hernández se acordó en los Tratados de Ciudad Juárez la renuncia del presidente Porfirio Díaz. La sustitución del mismo por su Ministro de Relaciones Exteriores Francisco León de la Barra. El licenciamiento del Ejército Revolucionario. El mantenimiento del Congreso Federal y la convocatoria a elecciones en un próximo plazo.
Las dudas de Madero entre lo que cedía en las negociaciones y su indecisión final para atacar Ciudad Juárez lo confrontó con sus Jefes militares. También lo hizo su intervención defendiendo al general Navarro a cargo de las tropas Federales en Ciudad Juárez. Acusado de haber cometido crímenes de guerra contra los revolucionarios. En un incidente confuso Pascual Orozco ordenó el fusilamiento de Navarro. Madero tuvo que trasladar personalmente al Jefe Federal al lado americano. Mientras esto sucedía tanto Orozco como Villa se enfrentaron verbalmente con él. Madero se vio obligado a tener que hablar frente a sus tropas cuando creyó que iba a ser detenido por los insubordinados
La caída de Ciudad Juárez fue la puntilla final para el Gobierno de Díaz. En las últimas semanas de abril la Revolución se había extendido. Se consolidó el triunfo revolucionario en casi todos los Estados de la república mexicana. Si no eran triunfos declarados, al menos constituían enfrentamientos de pega y corre con el Gobierno, que se veía imposibilitado de contener la avalancha. Emiliano Zapata seguía imparable en Morelos. Había capturado Chiautla, Izucar de Matamoros y Acatán, amenazando el Estado de México. Cuando se firmaron los Tratados de Ciudad Juárez, Madero no alcanzó a darse cuenta que el licenciamiento del Ejército Revolucionario y el mantenimiento del Ejército Federal iba a constituir el final de su efímero gobierno. El pueblo entero de México esperaba que Madero con su gente asumiera la Presidencia, la transición acordada solo vino a crear confusión y anarquía. Con la renuncia de Díaz y ya integrado un Gabinete de transición, Madero era el hombre más respetado, deseado y esperado por el pueblo de México, no tenía el poder en sus manos. Tendría que esperar a ganar las elecciones planificadas a corto plazo para asumir la Presidencia de la República. El siguiente paso era la marcha triunfal hacia la Capital de México, donde en los días previos a la renuncia de Díaz se habían dado desórdenes y enfrentamientos sangrientos entre las fuerzas gubernamentales y los partidarios de Madero que salieron a la calle a celebrar el triunfo.
Al dirigirse a la capital, Pascual Orozco, el más connotado jefe militar de Madero, se había retirado resentido después de la insubordinación que había protagonizado contra Madero junto con Francisco Villa en Ciudad Juárez. Francisco Villa también se alejó de la luz pública habiendo recibido una suma de dinero por parte del propio Madero, con la que pretendía dedicarse a sus actividades particulares. .No sabía que la historia le tenía preparado un lugar especial en lo que faltaba de la primera etapa de la Revolución Mexicana y en la Guerra Civil que posteriormente tendría lugar. (continuará próximamente).