Para Fuentes Mohr el desarrollo de un programa con un absoluto respeto a valores como la justicia, tolerancia, diálogo, negociación polí­tica y, asimismo, confianza en la administración pública, otorgando especial prioridad a la educación y logrando un mayor nivel de bienestar económico -entre otros-, es posible con la participación de «campesinos, obreros, maestros, estudiantes, militares, profesionales, capitalistas de visión y, todos unidos en un esfuerzo común, el movimiento revolucionario puede proyectarse históricamente y afirmar su arraigo en el pueblo», según lo expuso en la mesa redonda La Revolución de Octubre y sus Proyecciones Futuras, organizada por la Universidad de San Carlos en octubre de 1968 y, posteriormente, editada en el texto El camino de Guatemala. Un pensamiento revolucionario. Sus planteamientos esenciales, al lado de un amplio grupo de hombres y mujeres que compartí­an sus ideales, señalaban la necesidad de la legalidad para volver al orden y paz social, pues son factores básicos para resolver las diferentes crisis socioeconómicas que afectaban al paí­s.

Con el gobierno de Julio César Méndez Montenegro (1966-1970), cuando el Partido Revolucionario ganó las elecciones, Fuentes Mohr ejerció como ministro de Hacienda y Crédito Público, periodo durante el cual impulsó una reforma tributaria, la cual tuvo una gran oposición del sector económico poderoso del paí­s. También fue ministro de Relaciones Exteriores. Durante esta etapa fue secuestrado por un grupo armado quien exigió la libertad de un militante detenido. El gobierno aceptó. El relato de esta parte de su vida la expuso Fuentes Mohr en su libro Secuestro y Prisión, dos caras de la violencia en Guatemala.

La actividad profesional de Fuentes Mohr se integró con acontecimientos de especial importancia, pues fue un protagonista activo en la creación del Sistema Económico Latinoamericano (SELA), cuyo objetivo es promover un sistema de consulta y coordinación para estrategias económicas comunes en América Latina y el Caribe; y director de la División de Cooperación entre Paí­ses en Desarrollo de la Conferencia de Naciones Unidas sobre Comercio y Desarrollo.

En 1974 Fuentes Mohr regresó del exilio en Costa Rica y con el apoyo del Frente Nacional de Oposición (FNO), integrado por los partidos Democracia Cristiana Guatemalteca (DCG), Frente Unido de la Revolución (FUR), y Partido Revolucionario Auténtico (PRA), fue candidato a vicepresidente de la República. El aspirante a la presidencia era Efraí­n Rí­os Montt. Ganaron las elecciones. Un fraude impidió que el gobierno militar les entregara el poder. En el texto Guatemala, Memoria del Silencio, se proporciona el testimonio de un testigo directo, ex militante del PR, quien dice: «Nosotros mismos en el Frente Nacional de Oposición, entendimos que aun ganando la elección, no podrí­amos llegar al poder si no era con un candidato militar y de esa cuenta fue que se postuló al general Rí­os Montt, convencidos de que un militar tal vez podrí­a hacer valer su triunfo, pero un civil no lo podrí­a lograr».

Fuentes Mohr fue diputado al Congreso de la República por el departamento de Quetzaltenango y la última etapa de su vida polí­tica estuvo dirigida a crear el Partido Socialista Democrático. Su constitución se logró el dí­a en que fue asesinado. Era la organización socialdemócrata para Guatemala, según las condiciones socioeconómicas y polí­ticas de su desarrollo. Fuentes Mohr no buscaba el impulso populista porque, de ser así­, les negarí­a a guatemaltecas y guatemaltecos la posibilidad de ampliar la capacidad productiva, de una adecuada polí­tica fiscal, y de las condiciones para garantizar a la ciudadaní­a el pleno goce de sus libertades. Para Fuentes Mohr era necesario fomentar el proceso de democracia y paz, así­ como anular cualquier signo de violencia, junto a una permanente actividad de los diferentes sectores de la sociedad guatemalteca para impulsar una cultura de los derechos humanos, aspecto que permitirí­a un mayor nivel de convivencia social en el paí­s. Considerando esta situación, la Declaración Universal de Derechos Humanos es adecuada referente por sus valores éticos que permiten construir una sociedad moderna cuya base es la solidaridad humana.

La revista Nueva Sociedad, editada en Venezuela (No. 40, 1979), se refirió a Fuentes Mohr exponiendo: «El dolor de su muerte es compartido por todos aquellos que, en América Latina, por defender la democracia como sistema de vida, sufren en carne propia la represión fascista o la amargura del exilio». Fuentes Mohr se planteó construir una Guatemala no para un grupo sino para todos los que nacieron en ella.