En febrero de 1962, los oficiales alzados organizaron el Movimiento Rebelde 13 de Noviembre (MR-13), e iniciaron sus actividades y ocuparon las poblaciones de Morales y Bananera en el departamento de Izabal. Emergió, también, un proceso de modificación del pensamiento político de varios de los alzados, lo cual se inició a partir de contactos con campesinos y, después, por medio de las relaciones establecidas con el partido Comunista, Partido Guatemalteco del Trabajo (PGT), que actuaba en la clandestinidad desde la caída de Arbenz.
La idea de derrocar al gobierno se cambió por la búsqueda de cambios sociales y políticos, y por la adopción, en algunos oficiales, de un pensamiento de izquierda. Los hechos posteriores al 13 de noviembre de 1960 determinaron el inicio de la guerra interna, en la medida en que la izquierda decidió que la violencia armada era el camino indicado para impulsar los cambios necesarios en el país.
La fuerza guerrillera se organizó en tres frentes: el primero, denominado Alaric Bennet, estuvo bajo el comando de Yon Sosa en las Montañas del Mico, en el noroeste de Izabal; el segundo, dirigido por Luis Trejo Esquivel, operaba en la Montaña La Granadilla, en Zacapa; y el tercero, llamado Frente guerrillero í‰dgar Ibarra (FGEI), comandado por Turcios Lima, estaba en la Sierra de Las Minas, entre Zacapa e Izabal.
A partir de mayo de 1962, se estableció un centro de formación antiguerrillera en Mariscos, Izabal, dirigido por una misión de las Fuerzas Especiales del Ejército de Estados Unidos, que comenzó a readecuarse a la guerra contrainsurgente En diciembre de 1962 las fuerzas insurgentes se fusionaron en las Fuerzas Armadas Rebeldes (FAR), integradas por el Movimiento Rebelde 13 de Noviembre, el Movimiento 20 de Octubre, que había actuado en Concuá, y el Movimiento 12 de Abril, formado por estudiantes.