La Fiscalía de Derechos Humanos del Ministerio Público señala que una agencia especial realiza las investigaciones ante las querellas presentadas en contra de presuntos exguerrilleros, por hechos cometidos durante la guerra interna. De acuerdo con el fiscal Orlando López, se conocen aproximadamente ocho expedientes, entre los cuales se encuentran más de cien señalados.